Membranski sistem je zasnovan na kontinuiranom funkcionisanju kao osnovu dizajna, ali u stvarnom funkcionisanju, uvek će postojati određena frekvencija pokretanja i isključivanja.
Kada se membranski sistem isključi, prožeta voda ili predobra voda moraju se koristiti za isticanje niskog tlaka kako bi se koncentrirana voda zamijenila visokom koncentracijom, ali sadrži inhibitor skale iz membranskog elementa. Također treba poduzeti mjere kako bi se spriječilo curenje vode iz sistema i uvođenje zraka, jer može postojati nepovratan gubitak fluksa permeata ako element izgubi vodu i osuši se.
Ako je vrijeme nevremena manje od 24 sata, nisu potrebne mjere za sprječavanje mikrobnog rasta. Međutim, ako vrijeme prolaska premašuje gore spomenute odredbe, za očuvanje sistema treba koristiti zaštitnu tekućinu ili bi membranski sistem trebalo redovito ispustiti.
